Badanie polega na ocenie obecności w jelicie wybranych bakterii, grzybów i pleśni, takich jak bakterie probiotyczne, bakterie stymulujące odporność czy mikroflora potencjalnie chorobotwórcza. Analiza ma charakter ilościowy. Wynik badania zawiera ocenę oraz interpretację specjalisty mikrobiologii.
Marker procesu zapalnego, jest częścią układu odporności wrodzonej (nieswoistej), nie jest swoistym parametrem dla danej choroby, ale świadczy o obecności toczącego się stanu zapalnego.
Badanie ma na celu wykluczenie bądź potwierdzenie obecności bardzo niewielkich ilości krwi w kale – takich, które nie zmieniają jego koloru i konsystencji.